Все кисты яичников, кроме функциональных (они проходят сами и эндометриоидная киста к ним не относится), лечатся хирургическим путем, сейчас становятся популярными лапароскопические операции с хорошим косметическим эффектом. Медикаментозная гормональная поддержка возможна, но на кисту это не повлияет.